Le Lycée Français Prins Henrik est dirigé par une équipe de Direction et un conseil d’administration franco-danois élu en assemblée générale des parents. Les structures de concertation et de décision sont les suivantes :

• L’Assemblée Générale
• Le Conseil d’Administration (CA)
• Le Conseil d’École
• Le Conseil d’Établissement
• Le Conseil Pédagogique
• Le Conseil de Vie Lycéenne (CVL)
• La Commission d’Hygiène, Sécurité et des conditions de travail (MIO – CHSCT)